Gerrit van Berkenrode Jansz. verkreeg op 11 mei 1504 toestemming om in zijn slotkapel de H. Mis te laten lezen. De eerste pastoor van Berkenrode, Basius, bouwt het eerste deels houten kerkje van Berkenrode, welk als statie al was toegewijd aan Sint Bavo. Op 1 juli 1817 werd de eerste steen van de nieuwe kerk gelegd. Op 28 februari 1856 werd Heemstede een zelfstandige parochie. Dit en de nieuwe welvaart door de bloembollen-culturen en de persoonlijke inzet van pastoor Joannes C.H. Muré lieten de wens van een nieuwe grote kerk uitkomen. Op 4 april 1878 wordt in het oude Berken-rode de eerste steen gelegd door de bisschop Mgr. P. M. Snickers en in oktober 1879 wordt de Sint Bavo geconsacreerd. In het daaropvolgende jaar werd de oude kerk uit 1817 gesloopt.

De neogotische kerk is gebouwd door architect E.J. Margry. Op 13 november 1944 stortte een V-1 neer op de Kerklaan, in de tuin van de heer Jac.H. Kramer. Twee dagen later werd hij door de Duitse bezetter tot ontploffing gebracht, met alle gevolgen vandien. B.J. van Houten beschrijft de toestand: “De pastorie was van binnen een ruïne, het dak van de kerk was ontzet, de gewelven van de zuidelijke zijbeuk ingestort, alle glas-in-loodramen aan de zuidwest en aan de oostzijde volledig vernietigd.” De beroemde glazenier Han Bijvoet zou tussen 1949 en 1951 nieuwe ramen ontwerpen en plaatsen achter het hoofd-altaar, bij de zij-ingangen (Sint Bavo en Sint Antonius), in de Mariakapel (H. Joachim en Anna) en in de Jozefkapel (H. Jozef van Egypte en H. Benedictus Jozef Labre). In 2004 zijn in de beide zijbeuken in totaal tien ramen vervangen. Ook deze waren door de ontplof-fing beschadigd en ruim een halve eeuw gevuld met matglas. Men liet zich bij de ontwerpen onder meer leiden door de kleurstellingen van de rozetten die nog intact waren.